Contexte
La peau est colonisée par une variété de micro‐organismes, les bactéries représentant le taxon prédominant du microbiome cutané. Chez le mouton, la communauté bactérienne de la peau des animaux sains fait l'objet de peu d'études, utilisant uniquement des méthodes de culture ou de séquençage d'amplicons clonés.
Objectifs
Déterminer la composition de la communauté bactérienne de la peau des moutons en utilisant le métabarcodage pour une caractérisation détaillée, et déterminer l'effet de la zone du corps, de la race et de l'environnement.
Matériels et méthodes
Au total, 267 échantillons sont prélevés sur 89 moutons femelles adultes, appartenant à trois races différentes et élevés dans neuf fermes différentes en Suisse. Pour chaque individu, un échantillon est prélevé sur le ventre, l'oreille gauche et la patte gauche, et un métabarcodage de la région hypervariable V3‐V4 de l'ARNr 16S est réalisé.
Résultats
Les principaux embranchements identifiés sont les Actinobacteriota, les Firmicutes, les Proteobacteria et les Bacteriodota. La diversité alpha déterminée par l'indice de diversité de Shannon est significativement différente entre les moutons provenant de différentes fermes. L'analyse de la diversité bêta par l'analyse des coordonnées principales (PCoA) montre un regroupement des échantillons par ferme et par site corporel, tandis que la race n'a qu'une influence marginale. Une analyse discriminante par régression des moindres carrés partiels (sPLS‐DA) révèle sept groupes principaux d'unités taxonomiques opérationnelles (UTO), dont des groupes d'UTO spécifiques à certaines fermes.
Conclusions et pertinence clinique
Ces résultats indiquent que l'environnement a une plus grande influence sur la variabilité microbienne de la peau que la race, bien que les races échantillonnées, les plus abondantes en Suisse, soient phénotypiquement similaires. De futures études sur le microbiome de la peau des moutons pourraient conduire à l’obtention de nouvelles connaissances sur les maladies de la peau et leur prévention.