Objectif
En 2015, New Delhi a connu une épidémie importante du virus de la dengue (DENV) qui a entraîné une morbidité et une mortalité élevées. Nous rapportons ici la caractérisation moléculaire de la souche dominante du DENV circulant pour comprendre son évolution et sa dispersion.
Matériaux et méthodes
Les infections au DENV ont été diagnostiquées par détection d'antigène IgM/NS1 et le sérotypage a été réalisé par PCR pour la région C‐PrM. Le gène de l'enveloppe a été amplifié et les variations dans le gène ont été analysées. La construction d'un arbre phylogénétique, la phylogénie basée sur le temps et l'origine du DENV ont été analysées. La pression de sélection spécifique au site pour les variantes du gène de l'enveloppe a été analysée.
Résultats
L'infection au DENV confirmée a été observée dans 11,34% (32/282) des cas tandis que la positivité de la PCR C‐PrM a été observée dans 54,16% (13/24) des cas positifs à l'antigène NS1. Tous les échantillons appartenaient au sérotype 2 et au génotype cosmopolite. L'analyse phylogénétique utilisant le gène de l'enveloppe a révélé la ségrégation des souches génotypiques cosmopolites en lignées spécifiques. Les souches indiennes se sont regroupées séparément en formant une lignée monophylétique distincte (lignée III) avec une signature de substitution viz d'aminoacides, I162V et R288K. L'analyse de la pression de sélection a révélé que les sites 215D, 288R et 304K étaient choisis de façon positive. Le taux de substitutions nucléotidiques était de 6,93 x 10‐4 substitutions/site/an avec un temps d'environ 10 ans depuis l'ancêtre le plus commun, avec JX475906 (souche d'Hyderabad) et JN030345 (souche de Singapour) comme l'ancêtre le plus probable.
Conclusion
Nous avons observé l’évolution d'une lignée distincte de souches DENV‐2 sur le sous‐continent indien avec des glissements possibles dans les souches endémiques circulantes de la dengue qui pourraient donner lieu à des souches plus pathogènes.