Obwohl unterirdische Herbivoren einen erheblichen wirtschaftlichen Verlust in der Landwirtschaft verursachen können, werden sie übersehen und unterschätzt. Die Kleine Kohlfliege Delia radicum (Anthomyiidae) ist ein weit verbreiteter Schädling auf Brassica‐Arten, darunter sind auch wichtige Nutzpflanzen, wie der Raps. Der Schaden wird von den Larven verursacht, die bis zur Verpuppung ausschließlich an den Pfahlwurzeln der Brassica‐Pflanzen fressen. Die adulten Fliegen sind oberirdisch‐lebende Generalisten, die sich von Pollen und Nektar ernähren. Die Weibchen werden von chemischen Signalen der Brassica‐Pflanzen angezogen, wo die Eiablage stattfindet. Ein assembliertes und annotiertes Genom kann Aufschluss über molekulare Mechanismen geben, die der Anpassung von D. radicum an ihre Wirtspflanzen und deren spezifischen chemischen Abwehrstoffe, vor allem Isothiocyanate, zugrunde liegen. Mit einer Kombination aus unterschiedlichen Next‐Generation‐Sequencing‐Methoden und bioinformatischen Ansätzen haben, wir das Genom von D. radicum assembliert, annotiert und analysiert. Wir assemblierten ein D. radicum‐Genom auf Chromosmenebene unter Verwendung von PacBio und Hi‐C Illumina‐Sequenzdaten. Durch die Kombination von Canu und dem 3D‐DNA Genomassembler konnten wir ein 1,3 Gbp großes Genom mit einem N50 von 242 Mbp und 6 Pseudo‐Chromosomen erstellen. Für die Annotation des Genoms, haben wir homologie‐ und transkriptom‐basierte und ab initio Gen‐Vorhersagemodelle verwendet. Insgesamt haben wir 13.618 Gene annotiert, die von mindestens zwei der Ansätze vorhergesagt wurden. Weiterhin analysierten wir die Transkriptome von Eiern, Larven, Puppen und adulten Tieren in Bezug auf entwicklungsstadienspezifische molekulare Funktionen. Dieses qualitativ hochwertige annotierte Genom von D. radicum, ist ein erster Schritt zum Verständnis der genetischen Mechanismen, die der Anpassung an Wirtspflanzen zugrunde liegen. Es bildet eine wichtige Ressource für die Entwicklung neuer und nachhaltiger Ansätze zur Verringerung von Ertragsverlusten durch diesen Schädling.