Bien que la bioéconomie concerne tous les secteurs, les marchés respectifs sont soumis à des dynamiques différentes. Les marchés des acides aminés d'origine biologique et de la biomasse d'insectes en sont une illustration. Les marchés mondiaux et européens des acides aminés d'origine biologique sont bien établis et en croissance. Cependant, l'augmentation de la production dans l'Union européenne (UE) de certains ‘nouveaux’ acides aminés est bien inférieure à la diminution de la production de lysine et de thréonine (qui sont des ‘anciens’ acides aminés), résultant de la délocalisation de la production de ces ‘anciens’ acides aminés de l'UE vers l'Asie (du fait de coûts de production plus élevés et de normes environnementales plus strictes dans l'UE). Le résultat est que la production globale de ‘tous’ les acides aminés a considérablement diminué.
Le marché de la biomasse d'insectes vient tout juste d'émerger dans l'UE. La production est faible, mais les entreprises commencent à monter en gamme. Le marché de l'alimentation animale constitue un marché cible majeur pour les acides aminés libres et la biomasse d'insectes. Les acides aminés libres sont classés comme additifs alimentaires et leur mise sur le marché des aliments pour animaux est coûteuse. La farine d'insectes est une matière alimentaire et sa mise sur le marché est assez simple, même si son utilisation dans l'alimentation des volailles et des porcs n'a été autorisée qu'en septembre 2021. Les acides aminés sont des ingrédients courants dans l'alimentation animale, mais leur utilisation est interdite en agriculture biologique. L'utilisation de farines d'insectes dans l'agriculture biologique n'est pas interdite, mais une certification correspondante n'a pas encore été développée dans l'UE.