DNA‐Methyltransferasen waren lange Zeit vor allem für die molekularbiologische Grundlagenforschung interessant, da sie sowohl in Pro‐ als auch in Eukaryoten wichtige Prozesse regulieren. Seit der Entwicklung von synthetischen Analoga des Cofaktors S‐Adenosyl‐L‐methionin, ist es möglich, nicht nur Methylgruppen, sondern auch zahlreiche funktionelle Gruppen sequenzspezifisch auf DNA zu übertragen. Einige DNA‐Methyltransferasen weisen aufgrund ihrer Struktur eine bemerkenswerte Promiskuität bezüglich des Cofaktors auf, so dass die Markierung von DNA mit guter Effizienz gelingen kann. In diesem Übersichtsartikel stellen wir die wichtigen Entwicklungen in diesem Bereich zusammen und diskutieren interessante aktuelle und potentielle Anwendungsmöglichkeiten in der Molekularbiologie und Biotechnologie.