A modificação de habitats pode causar homogeneização das comunidades biológicas. A análise da diversidade beta fornece informações fundamentais para a compreensão da homogeneização biótica, especialmente tendo em conta os avanços conceituais e metodológicos recentes. Nós investigamos se a modificação da paisagem está associada a homogeneização taxonômica em 32 comunidades de insetos aquáticos da Mata Atlântica brasileira. Nós investigamos: (1) se a forma como definimos paisagens afetou nossas estimativas de beta diversidade, (2) em que medida as mudanças na composição de espécies versus abundância relativa causou a homogeneização observada, e (3) se a heterogeneidade ambiental entre os habitats alterados afetou a homogeneização. Detectamos homogeneização taxonômica causada por modificações na paisagem somente quando usamos uma categorização refinada de paisagens e medidas de diversidade beta baseadas em abundância. Entre os riachos florestados, mudanças na abundância relativa, e não na composição taxonômica absoluta, aumentaram a variação biológica. Riachos florestados foram, de modo geral, mais heterogêneos biologicamente, com um conjunto variável de gêneros dominantes; por outro lado, riachos não florestados foram mais homogêneos, com o mesmo conjunto de gêneros sendo mais ou menos abundantes. Nós sugerimos que a modificação da paisagem pela agricultura, pastagem e silvicultura reduz diversidade beta, limitando a colonização de espécies potenciais, consequentemente, causando homogeneização taxonômica. Estudos investigando homogeneização biótica devem incluir diferentes medidas de dissimilaridade que representam mudanças na abundância relativa das espécies e na composição taxonômica da comunidade.