Die Phosphorylierung von Proteinen ist ein weit verbreiteter Prozess, welcher die mechanistische Grundlage für zelluläre Signalübertragung bildet. Derzeit werden Aspekte wie Ortsspezifität, Reaktionskinetik, der Einfluss von Kofaktoren und Struktur‐Funktions‐Beziehungen meist mit mehreren, untereinander nicht kompatiblen Methoden untersucht. Die hier vorgestellte Strategie vervielfacht die aus Protein‐ und Proteinkomplexphosphorylierungen ableitbaren Informationen und verlangt nur minimale Probenvorbereitung. Mithilfe hochauflösender nativer Massenspektrometrie verfolgen wir den konsekutiven Einbau von Phosphatgruppen in intakte Proteinkomplexe und lokalisieren deren Sequenzposition mittels Peptid‐LC‐MS/MS. Anhand von zwei Modellsystemen, der Kofaktor‐abhängigen Autophosphorylierung von Proteinkinase G sowie dem Zusammenwirken von Aurora‐Kinase A und Bora, sowohl als Enzym‐Substrat‐Paar als auch als stabiler Proteinkomplex, demonstrieren wir, wie verschiedene Gesichtspunkte des Phosphorylierungsprozesses simultan untersucht werden können.