Im Gegensatz zu den »spezifischen« Entzündungen der Harnwege (z. B. Tbc, Bilharziose usw.) werden »unspezifische« Harnwegsinfekte in der Regel durch gramnegative Keime verursacht, seltener durch grampositive Kokken. Die Keime stammen meist aus dem Darm, seltener aus Vagina oder perinealer Haut. Das Keimspektrum in Praxis und Krankenhaus zeigt beachtliche Unterschiede: E. coli sind für 85% der Infekte in der Praxis und für 50% im Krankenhaus verantwortlich. Dagegen sind im Krankenhaus sog. »Problemkeime« wie Proteus mirabilis, Pseudomonas aeruginosa, Serratia und vermehrt auch multiresistente Keime verbreiteter.