Die Nierenbiopsie spielt in der Nachsorge und Betreuung nierentransplantierter Patienten eine wichtige Rolle. Sie stellt heutzutage eine Standardprozedur dar, die zum einen in der Frühphase zur Abklärung einer fehlenden Primärfunktion oder eines Kreatininanstiegs eingesetzt wird. In späteren Phasen sind neben einem akuten oder schleichenden Kreatininanstieg vor allem das Neuauftreten einer Proteinurie oder Erythrozyturie klinische Symptome, die eine Nierenbiopsie notwendig machen.
Weiterhin wird heute durch eine intraoperative Biopsie (sog. Null-Biopsie) auch die Beurteilung der Qualität des Transplantats möglich. Dies ist notwendig angesichts der immer knapper werdenden Spenderorgane und der daraus resultierenden Notwendigkeit, unter bestimmten Umständen auch grenzwertig geeignete Organe, z. B. im Rahmen des „Old-for-old“-Programms, zu transplantieren. Weiterhin werden in vielen Zentren sog. Protokollbiopsien durchgeführt, d. h. Biopsien, die nicht akut indiziert sind, aber in einem bestimmten zeitlichen Abstand nach Nierentransplantation durchgeführt werden, um subklinische Abstoßungen sowie frühe Veränderungen, die auf eine chronische Transplantatschädigung hinweisen, zu entdecken. Auch können hierdurch wissenschaftliche Aspekte der Nierentransplantation systematisch untersucht werden.