Przewód pokarmowy to drugi co do wielkości układ organizmu ludzkiego. Jego długość wynosi 8-9 metrów, a jednym z kluczowych elementów strukturalnych, które decydują o jego funkcji, jest nabłonek pokrywający błonę śluzową. Zasadniczą rolę we właściwym funkcjonowaniu jelit, a w efekcie – całego organizmu człowieka, odgrywają mikroorganizmy jelitowe. Mikrobiom liczy około 1014 komórek i jest jednym z najbogatszych ekosystemów występujących na Ziemi. Wśród czynników, które wpływają na skład mikroflory jelit, wyróżnić można: wiek, skład diety, stosowanie antybiotyków, wysiłek fizyczny oraz niektóre substancje hormonalne wspomagające wysiłek fizyczny. Kolonizacja przewodu pokarmowego mikroorganizmami rozpoczyna się w chwili urodzenia dziecka. Rozwój mikroflory i tworzenie ochronnej bariery jelitowej jest jednak procesem stopniowym, a jej skład uwarunkowany jest głównie czynnikami zewnętrznymi. Jedną z głównych przyczyn prowadzących do dysbiozy jest długotrwała antybiotykoterapia, bez wspomagania organizmu preparatami probiotycznymi podczas jej trwania. Występuje wtedy zmniejszona odporność na zakażenia bakteriami patogennymi, spowodowana najprawdopodobniej zaburzoną interakcją z mikroflorą gospodarza. Ma to bezpośredni wpływ na upośledzenie funkcji układu odpornościowego. Z drugiej strony, korzystny wpływ na zróżnicowanie składu mikrobioty ma umiarkowany wysiłek fizyczny, który pozytywnie oddziałuje na przepuszczalność jelit, wchłanianie i przyswajanie substancji odżywczych i elektrolitów. Obecnie do oceny mikrobioty jelit stosuje się tradycyjny posiew mikrobiologiczny, analizę genetyczną oraz testy oceniające szczelność i funkcjonalność bariery jelitowej. Ze względu na względnie niskie koszty, najczęściej wykonywany jest tradycyjny posiew, a także oznaczanie w kale stężenia zonuliny i kalprotektyny.