Serwis Infona wykorzystuje pliki cookies (ciasteczka). Są to wartości tekstowe, zapamiętywane przez przeglądarkę na urządzeniu użytkownika. Nasz serwis ma dostęp do tych wartości oraz wykorzystuje je do zapamiętania danych dotyczących użytkownika, takich jak np. ustawienia (typu widok ekranu, wybór języka interfejsu), zapamiętanie zalogowania. Korzystanie z serwisu Infona oznacza zgodę na zapis informacji i ich wykorzystanie dla celów korzytania z serwisu. Więcej informacji można znaleźć w Polityce prywatności oraz Regulaminie serwisu. Zamknięcie tego okienka potwierdza zapoznanie się z informacją o plikach cookies, akceptację polityki prywatności i regulaminu oraz sposobu wykorzystywania plików cookies w serwisie. Możesz zmienić ustawienia obsługi cookies w swojej przeglądarce.
Thrombin is an essential protein involved in blood clot formation and an important clinical target, since disturbances of the coagulation process cause serious cardiovascular diseases such as thrombosis. Here we evaluate the performance of a molecular dynamics based method for predicting the binding affinities of different types of human thrombin inhibitors. For a series of eight ligands the method ranks their relative affinities reasonably well. The binding free energy difference between high and low affinity representatives in the test set is quantitatively reproduced, as well as the stereospecificity for a chiral inhibitor. The original parametrisation of this linear interaction energy method requires the addition of a constant energy term in the case of thrombin. This yields a mean unsigned error of 0.68 kcal/mol for the absolute binding free energies. This type of approach is also useful for elucidating three-dimensional structure-activity relationships in terms of microscopic interactions of the ligands with the solvated enzyme.