Cette étude se focalise sur la caractérisation moléculaire des souches de M. tuberculosis isolées de patients infectés par le VIH dans un hôpital spécialisé en maladies infectieuses à Alger.312 isolats cliniques sont colligés entre la période allant de 2000 jusqu’à 2007, 34 proviennent de patients VIH positifs. L’identification des souches a été réalisée par les tests biochimiques classiques. Le genotypage a été pratiqué par les techniques de spoligotyping (spacer oligo nucleotide typing) et RFLP-IS6110 (restriction fragment lengh polymorphism).les 34 souches isolées appartiennent au complexe M. tuberculosis et 28 sont génotypées. La technique de spoligotypage offre un taux d’homologie fluctuant entre 100 % à 40 % avec une prédominance des familles H (Haarlem) ; LAM (Latino-américain-méditerranéen) et enfin la famille ubiquitaire T. L’analyse des résultats par technique RFLP ne met pas en evidence de corrélation entre les types de profils de restriction des souches et le statut sérologique des patients. Parmi ces souches, nous attirons l’attention sur la mise en évidence d’une souche de profil ST1 ou famille Beijing chez un patient algérien et de 4 souches de profil ST61 famille LAM-CAM chez 4 patients originaires de pays sub-sahariens.Cette étude révèle des spoligotypes similaires aux génotypes de M. tuberculosis circulantes dans notre environnement. En outre, la mise en evidence de nouveaux génotypes à Alger est à souligner.