We investigated the distribution of genetic diversity in the strictly outcrossing plant species Cardamine amara using isozyme analysis. We investigated 36 populations from an area of approximately 900 square kilometres in a geographically well-defined region in Northwestern Germany. For these 36 populations we did not find any geographical structuring of genetic diversity. For ten out of the 36 populations we compared the genetic diversity of established population and soil seed bank from two different depths. At these ten sites we also studied differences in the species composition of soil seed bank and of established vegetation as an indicator of environmental dynamics. The corresponding results indicate that increasing dynamics of the habitat decreased the similarity between aboveground vegetation and soil seed bank and the homogeneity of the vertical distribution of seeds. Moreover, increasing environmental dynamics non-significantly increased heterozygosity. In typical, disturbed wet woodland habitats, Cardamine amara established a long-term persistent seed bank with up to 35,900 seeds m−2. Here the overall genetic diversity stored in the seed bank was similar to the one of the actually established population. Nevertheless, wet woodland seed bank subpopulations from different depths were more similar to each other genetically than compared to the established populations. Most established and seed bank populations were genetically close to Hardy-Weinberg equilibrium. Our study demonstrates that established C. amara populations do not represent simple representative genetic subsets of the underlying seed banks. 36 Populationen von Cardamine amara, dem Bitteren Schaumkraut, aus einem etwa 900 Quadratkilometer umfassenden Gebiet in Nordwest-Deutschland wurden mit Hilfe von Isoenzymanalysen auf ihre genetische Variabilität hin untersucht. Räumliche Verteilungsmuster der genetischen Variabilität konnten allerdings nicht nachgewiesen werden. Für 10 Populationen wurde die genetische Variabilität der aktuellen, überirdischen Teilpopulation mit derjenigen des zugehörigen Bodensamenspeichers untersucht. An diesen Standorten wurde der gesamte Bodensamenspeicher mit der aktuellen Vegetation verglichen, um Hinweise auf das Ausmaß der Dynamik der durch Wasser geprägten Lebensräume zu bekommen. Entsprechende Ergebnisse zeigen, dass eine zunehmende standörtliche Dynamik zu einer sinkenden floristischen hnlichkeit zwischen aktueller Vegetation und dem Bodensamenspeicher führt. Demgegenüber stieg der Heterozygotiegrad als genetischer Parameter mit steigender Dynamik. In typischen Cardamine amara dominierten Naßwäldern baut diese Art einen Bodensamenspeicher mit bis zu 35.900 Samen pro m2 auf. Die genetische Diversität von Bodensamenspeicher und aktueller Vegetation war identisch, es wurden dieselben Multilocusgenotypen gefunden. Unterschiede ergaben sich aber in den Allelfrequenzen. Dieses führte auch zu einer größeren genetischen hnlichkeit zwischen Teilpopulationen des Bodensamenspeichers aus zwei unterschiedlichen Tiefen, die jeweils verglichen mit der aktuellen Population geringere genetische hnlichkeiten aufwiesen. Insgesamt zeigt sich, dass die aktuellen Teilpopulationen von Cardamine amara nicht einfach die genetische Variabilität des Bodensamenspeichers widerspiegeln und dass die standörtliche Dynamik einen maßgeblichen Einfluss auf genetische Differenzierungsprozesse haben kann.