Serwis Infona wykorzystuje pliki cookies (ciasteczka). Są to wartości tekstowe, zapamiętywane przez przeglądarkę na urządzeniu użytkownika. Nasz serwis ma dostęp do tych wartości oraz wykorzystuje je do zapamiętania danych dotyczących użytkownika, takich jak np. ustawienia (typu widok ekranu, wybór języka interfejsu), zapamiętanie zalogowania. Korzystanie z serwisu Infona oznacza zgodę na zapis informacji i ich wykorzystanie dla celów korzytania z serwisu. Więcej informacji można znaleźć w Polityce prywatności oraz Regulaminie serwisu. Zamknięcie tego okienka potwierdza zapoznanie się z informacją o plikach cookies, akceptację polityki prywatności i regulaminu oraz sposobu wykorzystywania plików cookies w serwisie. Możesz zmienić ustawienia obsługi cookies w swojej przeglądarce.
We develop cache efficient, multicore, and GPU algorithms for RNA folding using Nussinov's equations. Our cache efficient algorithm provides a speedup between 1.6 and 3.0 relative to a naive straightforward single core code. The multicore version of the cache efficient single core algorithm provides a speedup, relative to the naive single core algorithm, between 7.5 and 14.0 on a 6 core hyperthreaded...
We develop novel single-GPU parallelizations of the Smith-Waterman algorithm for pairwise sequence alignment. Our algorithms, which are suitable for the alignment of a single pair of very long sequences, can be used to determine the alignment score as well as the actual alignment. Experimental results demonstrate an order of magnitude reduction in run time relative to competing GPU algorithms.
We provide efficient single-precision and integer GPU implementations of Strassen's algorithm as well as of Winograd's variant. On an NVIDIA C1060 GPU, a speedup of 32% (35%) is obtained for Strassen's 4-level implementation and 33% (36%) for Winograd's variant relative to the sgemm (integer version of sgemm) code in CUBLAS 3.0 when multiplying 16384×16384 matrices. The maximum numerical error for...
Podaj zakres dat dla filtrowania wyświetlonych wyników. Możesz podać datę początkową, końcową lub obie daty. Daty możesz wpisać ręcznie lub wybrać za pomocą kalendarza.