Search results

Items from 1 to 20 out of 4,721 results

article

Efficient Computation of RNA Partition Functions Using McCaskill’s Algorithm

Chunchun Zhao, Sartaj Sahni

Annals of Computer Science and Information Systems > 2020 > Vol. 21 > 449--452

We develop efficient single- and multi-core algorithms to compute partition functions for RNA sequences. Our algorithms, which are based on McCaskill's algorithm, are benchmarked against state-of-the-art fast algorithms obtained using the parallelizing source-to-source compilers PLUTO and TRACO. On our Intel I9 computational platform, our best single core algorithm takes up to 81.2% less time than...

article

Wpływ dodatku kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA) na właściwości mechaniczne żeli żelatynowych

Joanna Głazowska, Robert Tylingo, Agnieszka Bartoszek

Przemysł Chemiczny > 2019 > T. 98, nr 8 > 1224--1229

Kwasy nukleinowe cieszą się coraz większym zainteresowaniem pod względem zastosowania ich w przemyśle farmaceutycznym, kosmetycznym oraz żywnościowym. Określono wpływ dodatku długo- i krótkołańcuchowych kwasów nukleinowych na właściwości mechaniczne żeli żelatynowych. Badania wykazały występowanie specyficznych interakcji pomiędzy żelatyną a kwasami nukleinowymi oraz pozwoliły na ocenę wpływu tych...

article

Perfil diferencial de transcritos em endométrio eutópico de mulheres inférteis com endometriose e controles durante a janela de implantação

Michele Gomes Da Broi, Carlos Valério Rocha‐Junior, Jessica Rodrigues Plaça, Wilson Araujo Silva, more

Reproducao & Climaterio > 2017 > 32 > 2 > 97-103

Alterações moleculares no endométrio eutópico de mulheres com endometriose podem estar envolvidas na infertilidade associada à doença. Este estudo objetivou comparar os genes diferencialmente expressos (DEG) no endométrio eutópico de mulheres inférteis com endometriose, controles inférteis (CI; fator masculino e/ou tubário) e controles férteis (CF) durante a janela de implantação, através de RNA‐Seq...

article

Pseudouridylation meets next-generation sequencing

Maryam Zaringhalam, F. Nina Papavasiliou

Methods > 2016 > 107 > C > 63-72

The isomerization of uridine to pseudouridine (Ψ), known as pseudouridylation, is the most abundant post-transcriptional modification of stable RNAs. Due to technical limitations in pseudouridine detection methods, studies on pseudouridylation have historically focused on ribosomal RNAs, transfer RNAs, and spliceosomal small nuclear RNAs, where Ψs play a critical role in RNA biogenesis and function...

article

Endocytosis in gene therapy with non-viral vectors

Aritz Perez Ruiz de Garibay

Wiener Medizinische Wochenschrift > 2016 > 166 > 7-8 > 227-235

Summary Gene therapy or the delivery of genetic material can be carried out not only with viral vectors, but with non-viral vectors too. Although the use of non-viral carriers is safer, this approach has generally been poorer in terms of transfection efficiency. In order to improve the transfection rates, it is important to exactly know the path that the nanoparticles go through. In this way, we can...

article

Amplifikacja kwasów nukleinowych w warunkach izotermicznych - cz. I

M. Hołysz, H. Hołysz, A. Burzyński

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski > 2015 > nr 9-10 > 59--64

Amplifikacja kwasów nukleinowych w warunkach izotermicznych stanowi ciekawą alternatywę wobec technik tradycyjnie wykorzystywanych w badaniach naukowych i w diagnostyce. W ciągu ostatnich kilkunastu lat opracowano wiele różnych metod powielania DNA i RNA w stałej temperaturze. Techniki te nie ustępują pod względem wielu parametrów klasycznej reakcji PCR, nawet technice real-time PCR, a niekiedy nawet...

article

Amplifikacja kwasów nukleinowych w warunkach izotermicznych - cz. II

M. Hołysz, H. Hołysz, A. Burzyński

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski > 2015 > nr 11-12 > 43--49

W ofercie wielu firm na całym świecie znajdziemy produkty działające w oparciu o amplifikację kwasów nukleinowych w warunkach izotermicznych. Wśród nich znajdują się zestawy odczynników przeznaczone do badań naukowych, a także szeroka gama testów przeznaczonych głównie do diagnostyki wirusologicznej i bakteriologicznej. Celem niniejszego artykułu jest wyjaśnienie zasady działania poszczególnych technik...

article

Zastosowania „click chemistry” w modyfikacjach nukleozydów i oligonukleotydów

M. Gładysz, J. Milecki

Wiadomości Chemiczne > 2014 > [Z] 68, 7-8 > 617--643

Since the year 2001 new ideology of clean and simple synthesis in organic chemistry has been established. The outstanding scientists Meldal and Sharpless presented their concepts of Click Chemistry. Among the reactions chosen for this concept the reaction of Copper(I) Catalyzed Alkyne-Azide Cycloaddition (CuAAC) became the most popular one. It is the basis of syntheses employed for building blocks...

article

Quantitation of hepatitis C virus RNA in peripheral blood mononuclear cells in HCV‐monoinfection and HIV/HCV‐coinfection

Aarthi Chary, Mark A. Winters, Robert Eisen, Thomas H. Knight, more

Journal of Medical Virology > 84 > 3 > 431 - 437

Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) represent an extrahepatic hepatitis C virus (HCV) reservoir, the significance of which is unclear due to limited studies and varying test methodologies. In this study, a commercial viral load assay for measuring cell‐associated PBMC HCV RNA was evaluated. HCV RNA was extracted from PBMCs, sorted CD14+, and CD19+ cells and corresponding plasma samples using...

article

Eksploracja danych genetycznych bazy GenBank z wykorzystaniem usług sieciowych

A. Siążnik, B. Małysiak-Mrozek, D. Mrozek

Studia Informatica > 2011 > Vol. 32, nr 3B > 35-51

National Center for Biotechnology Information (NCBI) gromadzi ogromne liczby danych opisujących różne organizmy biologiczne na wiele różnych sposobów. Dane te są przechowywane we właściwych bazach danych, zarządzanych przez NCBI. Baza danych GenBank jest jedną z najbardziej znanych na świecie baz NCBI przechowujących dziesiątki milionów sekwencji nukleotydowych DNA i RNA. W niniejszym artykule przedstawiono...

article

Virushepatitis A–E

K. Rösler, H. C. Spangenberg, H. E. Blum

Der Gastroenterologe > 2006 > 1 > 2 > 94-100

Die fünf primär hepatotropen Hepatitisviren sind das Hepatitis A-Virus (HAV), das Hepatitis B-Virus (HBV), das Hepatitis C-Virus (HCV), das Hepatitis D-Virus (HDV) und das Hepatitis E-Virus (HEV). Während HAV und HEV fäkal-oral übertragen werden, erfolgt die Infektion mit HBV, HCV und HDV auf parenteralem Weg. Im Folgenden werden die biologischen Eigenschaften dieser Viren und etablierte Maßnahmen...

article

Spektroskopia NMR w badaniach strukturalnych kwasów nukleinowych. Część 1.

Z. Gdaniec

Wiadomości Chemiczne > 2005 > [Z] 59, 1-2 > 47--65

NMR spectroscopy is a powerful method that allows detetmination of the structure and dynamics of nucleic acids and their complexes in solution with atomic resolution. A major breakthrough in the structure determination of nucleic acids by NMR was introduction of advanced and efficient methods for the labeling of RNA and DNA with¹³C and¹⁵N and development of multidimensional, heteronuclear NMR techniques...

article

Antitumor activity induced by regulatory RNA: possible role of RNA-dependent protein kinase and nuclear factor-κB

Maria Angelica Ehara Watanabe, Liliana Rodrigues Souza, Joana Maria Murad, Fernando Luiz De Lucca

European Journal of Pharmacology > 2003 > 465 > 3 > 205-210

Regulatory RNAs are noncoding RNAs that can regulate gene expression. Our previous results showed that regulatory RNAs can induce the production of interleukin-1, interleukin-2, interleukin-8, tumor necrosis factor-α (TNF-α), interferon-γ, and Fas ligand (FasL). These cytokines and FasL are involved in host defense mechanisms against tumors. B16-F10 melanoma cells are highly metastatic to the lungs...

article

Spleißstellenmutationen und Atherosklerose: Mechanismen und Modelle der Prädiktion

Y. von Kodolitsch, C. A. Nienaber, M. Fliegner, P. K. Rogan

Zeitschrift für Kardiologie > 2001 > 90 > 2 > 87-95

Nukleotidsequenzvarianten in Genen des Lipidmetabolismus beeinflussen das Atheroskleroserisiko. Zehn Prozent aller Einzelbasensubstitutionen in Genen mit Einfluss auf das Atheroskleroserisiko befinden sich im Bereich von Spleißstellen. Spleißstellen sind Intronsequenzen, die von sogenannten Spleißosomen zur Erkennung der Exon-Intron-Grenzen benötigt werden um eine korrekte Entfernung der Introns aus...

article

Fizyczne i biologiczne właściwości wirusa rizomanii buraków: powiązanie między zestawem, genetycznym i infekcyjnością

O. Lemaire

Gazeta Cukrownicza > 1988 > 96 > 2

article

Towards a templated reaction that translates RNA in cells into a proaptotic peptide‐PNA conjugate

Yannic Altrichter, Peter Bou‐Dib, Christina Kuznia, Oliver Seitz

Journal of Peptide Science > 29 > 7 > n/a - n/a

Nucleic acid‐templated chemistry opens the intriguing prospect of triggering the synthesis of drugs only in diseased cells. Herein, we explore the feasibility of using RNA‐templated chemical reactions for the activation of a known Smac peptidomimetic compound (SMC), which has proapoptotic activity. Two peptide nucleic acid (PNA) conjugates were used to enable conditional activation of a masked SMC...

article

Site‐Specific Labeling of RNAs with Modified and ¹⁹F‐Labeled Nucleotides by Chemo‐Enzymatic Synthesis

Alexey Sudakov, Bozana Knezic, Martin Hengesbach, Boris Fürtig, more

Chemistry – A European Journal > 29 > 25 > n/a - n/a

More than 170 post‐transcriptional modifications of RNAs have currently been identified. Detailed biophysical investigations of these modifications have been limited since large RNAs containing these post‐transcriptional modifications are difficult to produce. Further, adequate readout of spectroscopic fingerprints are important, necessitating additional labeling procedures beyond the naturally occurring...

article

Regulation and function of poised mRNAs in lymphocytes

Martin Turner

BioEssays > 45 > 5 > n/a - n/a

Pre‐existing but untranslated or ‘poised’ mRNA exists as a means to rapidly induce the production of specific proteins in response to stimuli and as a safeguard to limit the actions of these proteins. The translation of poised mRNA enables immune cells to express quickly genes that enhance immune responses. The molecular mechanisms that repress the translation of poised mRNA and, upon stimulation,...

article

Molecular basis of RNA recognition by TBP of HIV‐1 from multiple molecular dynamics simulations and energy predictions

Chao Wang, Lin Chen, Wanxia Tang, Bing Zhao, more

Journal of Computational Chemistry > 44 > 13 > 1291 - 1299

The frequent outbreaks of the AIDS (Acquired Immune Deficiency Syndrome) pandemic and the limited availability of anti‐Human Immunodeficiency Virus (HIV) drugs highlight the urgent need to develop new antiviral drugs. A detailed understanding of the interactions between TAR‐Binding Proteins (TBP) and RNA will facilitate the discovery of new anti‐AIDS drugs. In order to characterize and explore the...

article

APE1 interacts with the nuclear exosome complex protein MTR4 and is involved in cisplatin‐ and 5‐fluorouracil‐induced RNA damage response

Marta Codrich, Monica Degrassi, Matilde Clarissa Malfatti, Giulia Antoniali, more

The FEBS Journal > 290 > 7 > 1740 - 1764

The nuclear RNA surveillance mechanism is essential for cancer cell survival and is ensured by the RNA nuclear exosome including some co‐factors, such as the RNA helicase MTR4. Recent studies suggest an involvement of DNA repair proteins such as apurinic/apyrimidinic (AP) endodeoxyribonuclease 1 (APE1), a major endodeoxyribonuclease of Base Excision Repair (BER), in RNA metabolism and RNA decay of...

Publication date

Last 3 months (11)
Last year (49)
Last 3 years (165)

Close

Date range setting

Set the date range to filter the displayed results. You can set a starting date, ending date or both. You can enter the dates manually or choose them from the calendar.

From:

To:
Set your own date range

Content availability

Available (4,422)
None (299)

Publication type

article (3,680)
book (1,041)

Publication language

English (4,555)
Polish (125)
German (50)
French (14)
Portuguese (1)
Spanish (1)

Keywords

Data set

Elsevier (1,981)
ieee (1,196)
Wiley (712)
Springer (580)
Agro (231)
PSJD (10)
BazTech (9)
CEJSH (1)
DML (1)

INFONA - science communication portal

Search results

Efficient Computation of RNA Partition Functions Using McCaskill’s Algorithm

Wpływ dodatku kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA) na właściwości mechaniczne żeli żelatynowych

Perfil diferencial de transcritos em endométrio eutópico de mulheres inférteis com endometriose e controles durante a janela de implantação

Pseudouridylation meets next-generation sequencing

Endocytosis in gene therapy with non-viral vectors

Amplifikacja kwasów nukleinowych w warunkach izotermicznych - cz. I

Amplifikacja kwasów nukleinowych w warunkach izotermicznych - cz. II

Zastosowania „click chemistry” w modyfikacjach nukleozydów i oligonukleotydów

Quantitation of hepatitis C virus RNA in peripheral blood mononuclear cells in HCV‐monoinfection and HIV/HCV‐coinfection

Eksploracja danych genetycznych bazy GenBank z wykorzystaniem usług sieciowych

Virushepatitis A–E

Spektroskopia NMR w badaniach strukturalnych kwasów nukleinowych. Część 1.

Antitumor activity induced by regulatory RNA: possible role of RNA-dependent protein kinase and nuclear factor-κB

Spleißstellenmutationen und Atherosklerose: Mechanismen und Modelle der Prädiktion

Fizyczne i biologiczne właściwości wirusa rizomanii buraków: powiązanie między zestawem, genetycznym i infekcyjnością

Towards a templated reaction that translates RNA in cells into a proaptotic peptide‐PNA conjugate

Site‐Specific Labeling of RNAs with Modified and ¹⁹F‐Labeled Nucleotides by Chemo‐Enzymatic Synthesis

Regulation and function of poised mRNAs in lymphocytes

Molecular basis of RNA recognition by TBP of HIV‐1 from multiple molecular dynamics simulations and energy predictions

APE1 interacts with the nuclear exosome complex protein MTR4 and is involved in cisplatin‐ and 5‐fluorouracil‐induced RNA damage response

Filter options

Publication date

Content availability

Publication type

Publication language

Keywords

Data set

INFONA - science communication portal

Search results

Add recipient

Sending message cancelled

Are you sure you want to cancel sending this message?

Send message

Filter options

Publication date

Date range setting

Set the date range to filter the displayed results. You can set a starting date, ending date or both. You can enter the dates manually or choose them from the calendar.

Content availability

Publication type

Publication language

Keywords

Data set

Reporting an error / abuse

Sending the report failed

Accessibility options