Die genaue Quantifizierung nicht‐kodierender RNA‐Spezies hat sich in jüngerer Zeit als dringendes Problem herauskristallisiert, das unter anderem Anwendung in der RNA‐Modifikationsanalytik, der Untersuchung von Gewebedifferenzierung und vielen anderen Bereichen findet. Wir stellen hier einen hybridisierungsbasierten Ansatz vor, der die Mikroskala‐Thermophorese (MST) als sehr schnelles und hochpräzises Verfahren verwendet, um z. B. einzelne tRNA‐Spezies mit einer Durchlaufzeit von etwa einer Stunde zu quantifizieren. Mithilfe der MST wurde u. a. die Wirkung von tRNA‐Toxinen, Hitzestress sowie von RNA‐Modifikationen auf einzelne tRNA‐Spezies untersucht. Eine vergleichende Analyse ergab weiterhin signifikante Unterschiede zu RNA‐Seq‐basierten Quantifizierungsansätzen, was auf eine Verzerrung letzterer aufgrund von tRNA‐Modifikationen hindeutet. Weitere Anwendung fand die Methode bei der Bestimmung von rRNA sowie von PolyA‐Fraktionen in zellulärer RNA.