In the Urdaibai estuary, despite its small volume in relation to the tidal prism, phytoplankton grows massively in the upper and intermediate zones of the estuary during summer when rainfall is low to moderate. Data obtained in 23 sampling transects along the longitudinal axis of the estuary, undertaken in July 1993 and August 1994, showed three distinct zones in terms of the phytoplankton species composition: in the upper zone the phytoplankton assemblage was dominated by the diatoms Cyclotella spp., the dinoflagellate Glenodinium foliaceum, cryptophytes and euglenophytes; in the intermediate zone the diatom Chaetoceros ceratosporus, the dinoflagellates Peridinium quinquecorne and Prorocentrum minimum and cryptophytes were the most abundant; in the lower zone diatoms such as Leptocylindricus danicus and Skeletonema costatum together with the dinoflagellates Prorocentrum spp. were dominant. The distribution and abundance of these phytoplankton forms is discussed in relation to variations in salinity, water column stratification, nutrients and temperature, which in turn vary mainly as a function of meteorological conditions (i.e. rainfall, irradiance) and tidal amplitude. The longitudinal distribution of phytoplankton cells suggests that the diatoms Cyclotella spp. and Chaetoceros ceratosporus undergo a greater dispersion along the estuary during rain events than the flagellates, thus contributing to the transport of silica to the outer areas of the estuary.L'Estuaire de Guernica dans le pays basque, est de faible volume en comparaison avec les eaux deplacees par la maree ; pourtant en ete, lorsque les precipitations sont faibles a moderees, le phytoplancton s'y developpe en abondance dans les secteurs amont et intermediaire. La composition taxonomique des prelevements effectues en juillet 1993 et aout 1994, suivant l'axe longitudinal de l'estuaire, revele trois secteurs. L'amont est domine par la diatomee du genre Cyclotalla spp., le dinoflagelle Glenodinium foliaceum, les cryptophycees et les euglenophycees. Dans le secteur intermediaire, la diatomee Chaetoceros ceratosporus est en abondance, avec les dinoglagelles Peridinium quinquecorne et prorocentrum minimum et les cryptophycees. En aval, les diatomees telles que Leptocylindrus danicus et Skeletonema costatum sont dominantes, associees au dinoflagelle Prorocentrum spp. La repartition et l'abondance de ces especes est discutee en relation avec la salinite, la stratification des eaux, les nutriments et la temperature, parametres qui varient eux-memes avec les conditions meteorologiques (precipitations, eclairement) et l'amplitude de la maree. La repartition longitudinale du phytoplancton suggere que, pendant les precipitations, les diatomees de Cyclotella spp. et Chaetoceros ceratosporus sont soumises a une plus grande dispersion que les dinoflagelles, contribuant ainsi au transfert de silice en dehors de l'estuaire.